Peter Trautner, tidl. borgmester og kredslæge i Bogense, grundlagde Nordfyns Museum i 1920.

I 1934 fik man de første offentligt tilgængelige lokaler i kælderen på Bogense Rådhus, hvor museet lå i mange år.
I forbindelse med nedlæggelsen af Nordfynske Jernbaner i 1965 flyttede museet ind i en del af den gamle stationsbygning.

Efter at Bogense Postkontor blev nedlagt i 2006 og arealet indlemmet i museets udstillingsområde, som derved blev udvidet, er der i dag basis for nye spændende tiltag.  
 
Mange kommer langvejs fra og finder oplysninger på Lokalhistorisk Arkiv for Bogense og omegn, som også findes på museet.

Mindesten for grundlæggeren Peter Trautner kan ses uden for Nordfyns Museum.